L'évolution de la truite se lit dans son ADN

Si elle se retrouve souvent dans nos assiettes, la truite arc-en-ciel est également très prisée des chercheurs. C’est même le poisson le plus étudié au monde ! Un consortium français(1) vient de publier un article(2) portant notamment sur le séquençage complet de son génome, une première pour une espèce de salmonidé.

Cette réussite a permis aux scientifiques de mieux comprendre l’évolution de ce poisson. « Nous savions que le génome de la truite s’était dupliqué il y a plusieurs millions d’années, précise Yann Guiguen, du Laboratoire de physiologie et génomique des poissons à l’Inra de Rennes, coordonnateur du projet. Nous avons pu dater cet événement à cent millions d’années. » Au cours de ce phénomène, que l’on retrouve chez d’autres espèces, tout le matériel génétique se dédouble, et l’animal se retrouve non plus avec des paires de chromosomes, mais avec des tétrades(3). « Cet état n’est probablement pas viable sur le long terme, ajoute Yann Guiguen, alors on pensait que ces génomes dupliqués devaient subir des modifications rapides et importantes pour revenir à un état stable.»

Lorsqu’ils ont décrypté le génome de la truite, les chercheurs ont constaté qu’il n’y avait pas eu de modifications massives depuis la duplication. « On voit parfaitement la trace des deux ADN dupliqués il y a cent millions d’années dans l’ADN que l’on séquence aujourd’hui. » Par contre, sur les deux copies, l’une prend le dessus en termes d’expression. « Cela nous laisse à penser que nous sommes dans une phase intermédiaire de l’évolution. Le relâchement de pression évolutive sur celui des gènes en doublons qui s’exprime le moins va peut-être permettre son évolution ou sa disparition. » Cela confirmerait l’hypothèse que les duplications sont des moteurs d’évolution.

« Elles augmentent considérablement le nombre de gènes et favorisent l’apparition de nouvelles fonctions. Cela pourrait aussi avoir une incidence sur la diversification, comme cela se voit chez certains groupes de plantes, beaucoup plus nombreux en termes d’espèces. » Cette connaissance du génome apporte un regard nouveau sur l’évolution des vertébrés. Elle trouvera aussi des applications en agronomie, pour améliorer les sélections des truites destinées à nos assiettes !